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Selección Sub-20 (2004-2005)

Artículo principal: Selección de fútbol sub-20 de Argentina

En 2004 declinó la oferta de representar a la selección española y decidió ser jugador de la selección argentina.²¹⁴ En junio de 2004 hizo su primera aparición con la camiseta albiceleste en la categoría de sub-20 en un partido amistoso contra Paraguay. Participó en el Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2005 imponiendo su calidad y sus goles con los que Argentina logró la tercera posición y se clasificó invicta al torneo mundialista celebrado en Países Bajos. En junio de 2005 ganó la Copa Mundial de Fútbol Juvenil de 2005 y además recibió la Bota de Oro de la competición con 6 goles y el Balón de Oro como mejor jugador del Mundial. Desde ese momento las inevitables comparaciones conMaradona se acrecentaron aún más.

Selección absoluta (2005-presente)

Artículo principal: Selección de fútbol de Argentina

Lionel Messi jugando para la selección argentina.

Después de una destacada participación en el Mundial sub-20, Messi fue convocado por el seleccionador argentino José Pekermanpara debutar con la selección absoluta. Frente a Hungría, el 17 de agosto de 2005, salió al campo en el minuto 63 por Lisandro López y tan solo 47 segundos después fue expulsado por el árbitro Markus Merk tras unos agarrones con el defensor húngaroVilmos Vanczák.²¹⁵ El 3 de septiembre se enfrentó contra la selección de Paraguay en la fase de clasificación para el Mundial de 2006.

Copa Mundial de Fútbol de 2006

Artículo principal: Argentina en la Copa Mundial de Fútbol de 2006

Messi llegó al Mundial de 2006 después de superar una reciente lesión que arrastraba desde marzo. Debutó en la Copa del Mundo en el segundo partido de la Argentina, ante Serbia y Montenegro. Ingresó al campo de juego en el minuto 73 con un 3-0 a favor de la albiceleste. Lejos de cuidar el resultado, se encargó de ampliarlo junto a Carlos Tévez, dando una asistencia de gol a Hernán Crespo apenas cinco minutos después de haber ingresado, y marcando el 6-0 final en el 88, convirtiéndose así en el sexto jugador más joven en anotar un gol en la historia de los Mundiales. Fue titular en el tercer partido del grupo, contra Países Bajos (0-0) y en octavos de final ante México, entrando en el minuto 84 y jugando toda la prórroga en la que venció Argentina por 2-1. En cuartos de final Argentina quedó eliminada en los penales frente a Alemania y Messi no jugó ni un solo minuto. Buena parte tanto de la crítica especializada como de la opinión general criticó a Pekerman por esa decisión.